《X战警97》第二季延续变种人小队在动荡时代中的挣扎：第一季结尾后，X战警被时间与空间打散，镭射眼与琴·葛蕾被卷入未来，暴风女、金刚狼、野兽、X教授和万磁王则来到古埃及时期，面对尚未成为“天启”的 En Sabah Nur。Bishop 与 Forge 试图重组队伍，寻找散落各处的同伴，阻止更大的灭绝危机。本季还将继续处理甘比特之死、罗刹女与万磁王的情感纠葛，以及天启崛起带来的新灾难，整体基调比上一季更黑暗、更偏时间穿越与末日对抗。