《帝王计划：怪兽遗产》第二季延续多时间线叙事，一边追踪当代主角群，一边回到上世纪中叶 Monarch 组织早期的秘密行动。第一季结尾，Cate、May 和 Keiko 等人在轴心界（Axis Mundi）——也就是空心地球的异空间中获救，却因为时间流速差，被“带错年份”，从 2015 被拉到 2017 年，和仍在人间努力寻找她们的 Kentaro、Hiroshi 再度交汇。 第二季的核心威胁是一只全新的泰坦“Titan X”，官方形容为“活生生的灾难”，体型巨大、会发出诡异的生物荧光，从深海中现身，力量甚至可能超过哥斯拉与金刚，对地球构成前所未有的威胁。剧情将角色带回骷髅岛：那里不仅是金刚的领地，也是 Titan X 相关古老秘密的关键。昔日的 Monarch 档案被揭开，观众将看到 1950 年代至 1960 年代 Monarch 成立初期如何第一次接触这些远古巨兽，以及 Lee Shaw 在年轻时代所参与的任务。 在现代线里，Titan X 的苏醒引发全球连锁反应，各国政府、军方和 Apex Cybernetics 等势力争相利用或抹杀它，Monarch 内部也爆发“务实派”和“共存派”的路线之争。Cate 与 Kentaro 一边寻找家族真相，一边被迫在“把怪兽当作自然灾害”与“把它们视作地球原有主宰”之间做出道德选择；Lee Shaw 则在过去与现在两条时间线上，成为串起人类与泰坦命运的关键人物。